Рассмотрение каждой работы поручалось Академией наук соответствующему крупному специалисту университета, другого высшего учебного заведения России, и это поручение рассматривалось как почетное.
По естественным наукам было присуждено 18 премий и 11 почетных отзывов Среди награжденных - такие классики науки, как В.В. Докучаев ("Русский чернозем"), С.О.Макаров (две премии, 1887 и1893 гг. за исследования вод Средиземного моря и Тихого океана), И.В. Мушкетов ( две премии: "Геологическое описание Туркестана" и "Физическая геология") и др.
Святейший Синод присуждал премии начиная с 1884 г., причем не раз в два года, а ежегодно. Представленные на конкурс работы рассматривались членами Учебного комитета (председатель - будущий священномученик Патриарший Местоблюститель митрополит Петр (Полянский)) и утверждались Святейшим Синодом по двум разделам:

-по предметам богословских наук, и духовному образованию;
за лучшие учебники и учебные пособия по предметам семинарских и училищных программ.
При этом премий удостаивались работы не только по богословским наукам, но и по истории Церкви, филологии и другим учебным дисциплинам (психология, математика). Так, премиями были отмечены работы А.И. Алмазова ("Тайная исповедь в Православной Восточной Церкви"), Барсова ("Святейший Синод в его прошлом"), ГА. Воскресенского ("Древнеславянское Евангелие" и "Древнеславянский Апостол"), И.И. Малышевского ("Святые Кирилл и Мефодий, первоучители славянские")
И.М.Менсветова ("Церковный устав, его образование и судьба в Греческой и Русской Церкви"). АС Павлова (две премии - за исследования "Номоканон при Большом Требнике" и "50-я глава Кормчей книги"), СА Белокурова ("Арсений Суханов"). АП. Голубцова (две премии - за работы "Прения о вере, вызванные делом королевича Вольдемара" и "Соборные чиновники и чиновники московского Успенского собора"). Н.К. Никольского ("Материалы для повременного списка русских писателей и их сочинений"), И.Е. Евсеева ("Книга пророка Даниила в древнеславянском переводе"). Н. Серебрянского ("Очерки по истории монастырской жизни в Псковской земле"). священника П.А. Флоренского "Столп и утверждение истины"), Николая Ярушевича, будущего митрополита ("Церковный суд в России до издания Соборного Уложения Алексея Михайловича").

За учебники и учебные руководства были премированы С.В. Смоленский ("Азбука знаменного пения старца Александра Мезенца"), И.С. Бердников (две премии - за "Основные начала церковного права" и "Краткий курс церковного права"), АП.Доброклонский ("Руководство к истории Русской Церкви"). В.М. Металлов ("Азбука крюкового пения"); Г.И. Челпанов ("Учебник психологии"), Н.И. Билибин ("Курс тригонометрии").

Для сохранения преемственности восстанавливаемых Макариевских премий с прежними и в связи с 850-летием Москвы в 1997г. при поддержке ЦНЦ "Православная энциклопедия" был организован первый конкурс, и премии присуждались по двум темам: 
"История Русской Православной Церкви" (из 22 работ удостоены премий -7) и "История Москвы" (из 24 работ - 7). Председателем Экспертного совета первого конкурса был член-корреспондент РАН Я.Н. Щапов.
Премии были вручены учредителями Фонда 19 сентября 1997 г., традиционно в день рождения митрополита Макария.
В 1999 г. состоялось второе присуждение премий памяти митрополита Макария. Прибавилась новая номинация - "История России", заметно возрос интерес научной общественности к конкурсу и авторитет премии. К конкурсу были допущены 95 работ. 13 лауреатов получили премиальные награды от Святейшего Патриарха Московского и всея Руси АЛЕКСИЯ II, президента РАН академика Ю.С. Осипова, вице-мэра Москвы В.П. Шанцева. Обязанности председателя Экспертного совета по премиям второго конкурса-. были возложены на профессора С.П. Карпова, декана исторического факультета МГУ.

По итогам второго конкурса был издан особый номер научного журнала "Исторический вестник" с публикациями премиальных работ.

В 2000 г. решением Совета учредителей, возглавляемого Святейшим Патриархом Московским и всея Руси - АЛЕКСИЕМ II. Макариевский фонд был реорганизован с целью активизировать развитие отечественной гуманитарной науки, как церковной, так и светской. 
Председателем Фонда был назначен митрополит Воронежский и Липецкий МЕФОДИЙ, возглавляющий -, Историческую подкомиссию Юбилейной комиссии Русской Православной Церкви по подготовке и проведению празднования 2000-летия Рождества Христова и редакционный совет журнала "Исторический вестник".