С 1897 был ректором Красноярской Духовной семинарии, а с 1914 г. – ректором Тобольской Духовной семинарии. В 1917 г. овдовел и был пострижен в монашество; впоследствии возведен в сан архимандрита.
18/28 сентября 1924 г. рукоположен во епископа Новониколаевского (с 1927 г. в связи с переименованием города – Новосибирский). На новообразованной кафедре вел активную борьбу с обновленческим и григорианским расколами. В 1927 г. возведен в сан архиепископа, а 18 апреля 1932 г. – в сан митрополита. Управлял епархией до мая 1935 г., когда был отправлен на покой. На его место был назначен архиепископ Томский Сергий (Васильков).
Отойдя от дел епархии, митрополит Никифор не покинул Новосибирск. Так получилось, что почти два года в Новосибирске было два архиерея.
Скончался владыка Никифор 30 апреля 1937 г. на Страстной седмице в Великую Пятницу. В ночь с 1 на 2 мая архиепископ Сергий совершил Пасхальную заутреню и литургию. Люди, пришедшие той ночью в Вознесенскую церковь, еще не знали, что следующая архиерейская служба в Пасхальную ночь в этом храме и в этом городе будет совершена через семь лет. На следующий день, в Светлый понедельник, при большом стечении народа (по воспоминаниям очевидцев – до четырех тысяч человек) состоялись похороны владыки Никифора.
Митрополит Никифор был погребен на кладбище близ Успенской церкви Новосибирска. В 1962 г. 5 сентября, в связи с ликвидацией кладбища и Успенской церкви, останки митрополита Никифора были перенесены на Заельцовское кладбище Новосибирска.

Шабунин Евгений Александрович,
Референт издательского совета Новосибирской епархии