В молебне были слова о том, чтобы Бог подал вступающему в должность главе государства силу и премудрость управлять страной, созидая в ней мир и благоустроение. В завершение молебна патриарх Кирилл прочитал молитву, которая всегда используется на этом богослужении. В ней, в частности, есть такие слова: "Умудри и настави его беспреткновенно проходити великое сие служение".
После этого патриарх обратился к главе государства от лица духовенства, монашества и верующих. Он отметил, что все эти люди поддерживали Путина, видя в нем "лидера, не только успешно управляющего государством, но и человека, преданного отечеству", и человека, "для которого духовная традиция является его собственной традицией, для которого и материальное, и духовное благополучие людей является задачей выполнения президентского срока". Патриарх пожелал президенту сил и здоровья выполнить все обещания, данные в инаугурационной речи.
В качестве дара от членов Священного синода Русской Православной церкви патриарх преподнес Путину икону Спасителя XVIII века из патриаршей ризницы. По его словам, этот образ отражает "прекрасную и духовную традицию" русского народа.
Перед тем как покинуть собор, президент приложился к храмовой иконе Благовещения Божьей матери.
7 мая 2000 года прежний Патриарх Московский и всея Руси Алексий II, впервые проводя эту церемонию, просил нового главу государства "помнить о великой ответственности правителя перед народом, историей и Богом", призвав Путина "непрестанно заботиться о благосостоянии народа, не только материальном, но и духовном". Он вручил в качестве патриаршего благословения президенту образ святого благоверного князя Александра Невского.
Все церемонии вступления в должность президента России совершались в пасхальные дни, которые отмечаются 40 дней после праздника Воскресения Христова. День инаугурации 7 мая 2000 года пришелся на первое воскресенье после Пасхи; в 2004 году - на пятницу четвертой пасхальной недели; в 2008 году это был 10-й день после Пасхи; в 2012 году - на понедельник четвертой пасхальной недели. Сейчас он приходится на понедельник пятой пасхальной недели.