Когда-то тогучинская земля была пристанищем для беглых крестьян и раскольников, пришедших сюда еще в начале XVI века. Одно из древнейших сел района — Киик — основано в 1530 году, еще до похода Ермака. Но с освоением Салаирских приисков население тогучинских «кабинетных земель» оказалось «приписано» к горнозаводскому делу.
В 1600 году на правом берегу Ини при впадении в нее реки Тогучинка появилась маленькая заимка. Ее построили землепроходцы в тот период, когда началось движение русских людей по степям и лесам вглубь Сибири для освоения обширного и сурового края. Сам Тогучин появился в 1867 году.
До 20–х годов XX века жители Тогучина занимались сельским хозяйством. В 1929 году началось строительство железной дороги Новосибирск — Кузбасс. Строительство железной дороги коренным образом изменило экономико–географическое положение Тогучина.
С возведением дороги сразу же стали возникать предприятия, обслуживающие железнодорожный транспорт. Благодаря строительству железной дороги Тогучин из небольшой деревушки превратился в районный центр.
Тогучинский район образован в 1932 году в составе Западно-Сибирского края. В 1937 году район был включен во вновь образованную Новосибирскую область.
